CleaveScope: инструмент для анализа специфичности протеаз

Протеазы — ферменты, «разрезающие» белки — играют ключевую роль в очень многих биологических процессах. Чтобы понять, как именно работает та или иная протеаза (какие аминокислоты она предпочитает рядом с местом разреза), используют масс-спектрометрию (LC-MS/MS). Но анализ этих данных часто требует сложных скриптов и высокой квалификации. Ученые из НИИ биомедицинской химии (Москва) создали CleaveScope — программу, которая упрощает эту задачу. Что умеет новый софт: берет стандартные XML-файлы результатов поиска по базам (Mascot), автоматически извлекает из них сайты расщепления, строит частотные матрицы аминокислотных остатков вокруг сайта расщепления, поддерживает несколько стратегий, чтобы надежно выявлять истинные предпочтения, а не шум, визуализирует результаты.

Полезный инструмент, который пригодится многим биохимикам и молбиологам. Результаты опубликованы в Analytical Chemistry и выложены на GitHub в открытом доступе.

Источник: Пресс –служба ИБМХ